建设单位与承包商之间的纠纷，如果双方选择通过仲裁方式解决，可以按照以下步骤进行：

　　一、提交仲裁申请

　　准备仲裁申请书：当事人应撰写仲裁申请书，明确仲裁请求、事实和理由，并按照被申请人数提交副本。仲裁申请书应详细载明双方当事人的基本信息、仲裁请求、争议事实、理由及证据等。

　　提交仲裁申请：当事人应将仲裁申请书及相关证据材料提交给约定的仲裁委员会。根据《仲裁法》第二十四条，仲裁委员会收到仲裁申请书之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知当事人;认为不符合受理条件的，应当书面通知当事人不予受理，并说明理由。

　　二、选定仲裁员和组成仲裁庭

　　选定仲裁员：根据《仲裁法》第三十一条和第三十二条，当事人约定由三名仲裁员组成仲裁庭的，应当各自选定或者各自委托仲裁委员会主任指定一名仲裁员，第三名仲裁员由当事人共同选定或者共同委托仲裁委员会主任指定。第三名仲裁员是首席仲裁员。当事人约定由一名仲裁员成立仲裁庭的，应当由当事人共同选定或者共同委托仲裁委员会主任指定仲裁员。如果当事人没有在仲裁规则规定的期限内约定仲裁庭的组成方式或者选定仲裁员的，由仲裁委员会主任指定。

　　组成仲裁庭：仲裁委员会根据当事人选定的仲裁员或指定的仲裁员组成仲裁庭，负责审理该纠纷。

　　三、开庭审理

　　通知开庭：仲裁庭组成后，仲裁委员会应将开庭日期、地点书面通知双方当事人。当事人应当按照通知要求参加庭审。

　　庭审程序：仲裁庭开庭时，首先核对当事人身份，然后宣布仲裁庭组成人员、告知当事人权利义务，询问当事人是否申请回避等。接着进行法庭调查、辩论等程序，充分听取双方当事人的陈述和意见。

　　四、作出裁决

　　调解与裁决：根据《仲裁法》第五十一条，仲裁庭在作出裁决前，可以先行调解。当事人自愿调解的，仲裁庭应当调解。调解不成的，应当及时作出裁决。

　　裁决书：仲裁庭作出裁决后，应制作裁决书。裁决书应写明仲裁请求、争议事实、裁决理由、裁决结果、仲裁费用承担等事项，并由仲裁员签名，加盖仲裁委员会印章。裁决书自作出之日起发生法律效力。

　　五、执行裁决

　　裁决执行：如果一方当事人不履行裁决书确定的义务，另一方当事人可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。

　　六、注意事项

　　仲裁协议：提请仲裁的前提是合同双方当事人已经订立了有效的仲裁协议。没有订立仲裁协议或仲裁协议无效的，不能申请仲裁。

　　证据材料：当事人在仲裁过程中应提供充分的证据材料来支持自己的主张。证据材料应真实、合法、有效，并与争议事实相关联。

　　遵守仲裁规则和程序：当事人应遵守仲裁规则和程序要求，积极配合仲裁庭的工作，确保仲裁程序的顺利进行。

　　以上是关于建设单位与承包商之间纠纷仲裁的基本流程和注意事项。在实际操作中，当事人应根据具体情况和仲裁规则的要求进行具体操作。