开发商逾期办证90天，会对房屋持有产生显著影响。以下是从不同方面进行的详细分析：

　　一、产权法律保护缺失

　　法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。房产证是购房者取得房产产权的凭证，是依法对房产行使占有、使用、收益和处分权利的基础。

　　影响分析：开发商逾期办证90天，意味着房屋在法律上并未完成登记，因此产权不受法律保护。在此期间，若发生任何产权纠纷，如开发商因债务问题被法院强制执行，其名下的未过户房产可能被变卖，这将直接影响房屋持有人的权益。

　　二、限制房屋相关权益的行使

　　影响范围：没有房产证，房屋持有人将无法进行房屋的买卖、交换、租赁以及抵押等操作。这严重限制了房屋持有人对房屋的自由处置权。

　　实际操作：在逾期办理房产证期间，即使房屋持有人有出售、租赁等需求，也可能因缺乏房产证而无法进行合法交易，影响其资产流动性和收益。

　　三、增加后续办理难度与成本

　　办理难度：逾期办理房产证期间，可能出现资料遗失、开发商退出房地产市场等情况，这将给后续办理房产证增加难度。房屋持有人可能需要花费更多的时间和精力去补齐资料，甚至可能面临无法办理的风险。

　　潜在成本：在逾期办理房产证过程中，还可能产生额外的费用，如滞纳金、律师费、诉讼费等，这些都将增加房屋持有的成本。

　　四、影响贷款与税费

　　贷款申请：在贷款申请过程中，银行通常会要求提供房产证作为抵押物证明。逾期办理房产证可能影响贷款的审批进度，甚至导致贷款申请被拒绝。即使获得贷款，也可能因房产证问题而面临更高的利率或更严格的担保要求。

　　税费问题：逾期办理房产证还可能导致税务机关对户主征收滞纳金。此外，在房屋出售时，若房产证未满一定年限(如5年)，可能需要缴纳更高的税费，影响房屋的售价和持有人的收益。

　　五、建议

　　及时沟通：房屋持有人应及时与开发商沟通，了解逾期办证的具体原因，并督促开发商尽快办理房产证。

　　保留证据：注意保留与开发商的沟通记录、购房合同、付款凭证等相关证据，以便在维权时使用。

　　咨询专业机构：在面临逾期办证问题时，可以咨询专业的房地产律师或中介机构，了解相关法律法规和解决方案。

　　合理维权：若开发商逾期办证且无法给出合理解释或解决方案，房屋持有人可以依据购房合同和相关法律法规追究其违约责任并寻求合理赔偿。

　　综上所述，开发商逾期办证90天会对房屋持有产生多方面的不利影响。因此，购房者在购房后应密切关注房产证的办理进度，确保自身权益不受损害。