当开发商逾期办证90天时，房屋持有人的权益确实受到了影响。为了保护自身权益，房屋持有人可以采取以下措施：

　　一、了解相关法律法规

　　首先，房屋持有人应了解相关法律法规，特别是关于房地产交易和产权登记的规定。这有助于明确自己的权益和开发商的责任，为后续的维权行动提供法律支持。

　　二、与开发商协商

　　沟通了解原因：与开发商进行沟通，了解其逾期办证的具体原因。有时候，开发商可能因为一些合理的原因(如政府部门审批延迟等)导致办证延迟。

　　要求明确时间：如果开发商确实存在过错，要求其明确具体的办证时间，并书面确认。

　　三、保留相关证据

　　在维权过程中，保留相关证据至关重要。这些证据可以包括：

　　购房合同：证明与开发商之间的交易关系。

　　付款凭证：证明已按照合同约定支付了购房款。

　　沟通记录：与开发商的沟通记录，包括电话记录、短信、邮件等。

　　其他证明材料：如开发商逾期办证的书面通知、政府部门的相关文件等。

　　四、咨询专业机构

　　法律咨询：咨询专业律师或法律机构，了解自身权益和维权途径。律师可以根据具体情况提供个性化的法律建议。

　　房地产协会：向当地房地产协会咨询，了解行业内的一般做法和维权经验。

　　五、联合其他业主

　　如果小区内有多位业主都面临同样的问题，可以联合起来共同维权。集体行动可以增加谈判的筹码，提高维权的成功率。

　　六、向相关部门投诉

　　如果与开发商协商无果，可以向相关部门投诉，如住房城乡建设部门、市场监管部门等。这些部门有权对开发商的违规行为进行调查和处理。

　　七、提起诉讼

　　如果以上途径都无法解决问题，房屋持有人可以选择向法院提起诉讼。在提起诉讼前，需要准备充分的证据材料，并委托专业律师代理诉讼。法院将根据相关法律法规和证据材料作出判决，保护房屋持有人的合法权益。

　　八、注意诉讼时效

　　在维权过程中，房屋持有人还需要注意诉讼时效的问题。一般来说，民事案件的诉讼时效为三年，从知道或者应当知道权利受到侵害之日起计算。因此，房屋持有人需要在诉讼时效内提起诉讼，否则将可能失去胜诉权。

　　综上所述，当开发商逾期办证90天时，房屋持有人可以通过了解法律法规、与开发商协商、保留证据、咨询专业机构、联合其他业主、向相关部门投诉以及提起诉讼等方式来保护自身权益。同时，也需要注意诉讼时效的问题，确保在规定的时间内采取行动。